斯宾诺莎最厌恶妥协，三言两语就回绝了这些事。结果，根据出名的古老《惩处准则》，他被逐出教会。那个准则毫不给人思考的余地，全是照搬耶利哥时代的诅咒谩骂的字眼。
面对五花八门的咒骂，他泰然坐在屋里，从报纸上了解前一天发生的事。甚至当一个《准则》的狂热者想结果他的性命时，他也不肯离开城市。
这对犹太教士的威信是一个沉重的打击，他们尽管乞灵于约书亚和伊莱沙，在短短的几年里却仍有人再次公开向他们挑战。他们心急火燎地向市政厅提出诉讼，要和市长见面，告诉他这个刚被赶出教会的巴鲁克·德·斯宾诺莎的确是个危险分子，是不可知论者，不信仰上帝，在阿姆斯特丹这样受人尊敬的社团中不应该容忍这种人。
那些大官人有个好习惯，凡事都不插手，而是推给教牧师的小组委员会去办理。这个小组委员会研究之后。发现斯宾诺莎并没有做有害于城市法律的事，便如实向市政府的官老爷做了报告。不过他们又觉得一个教派的人能如此团结一致是好事，便向市长建议，请这个似乎独立性很强的年轻人离开阿姆斯特丹几个月，等风头过了再回来。
从那以后，斯宾诺莎的生活一直平坦无波，就象他从窗口看到的大地一样。他离开了阿姆斯特丹，在莱顿附近的莱茵斯堡小村里租了一间房子，白天修磨光学仪器的镜头，晚上抽着烟斗，根据自己的兴致读点什么或写点什么。他一直没有结婚。谣传说他和拉丁文老师范·登·恩德的女儿有私情，可是斯宾诺莎离开阿姆斯特丹时那孩子才十岁，所以不大可能。